En la zona suroeste del parque existe una superficie encharcada que constituyen las Salinas de Cabo de Gata, un lugar de gran valor ecológico y paisajístico. Una explotación industrial que no perjudica al medio ambiente y que al contrario, configura un importante ecosistema y donde viven miles de aves. Estas explotaciones se emplean desde hace milenios para la obtención de sal aprovechando las condiciones de la elevada insolación.
También esta zona húmeda es parada y fonda en la ruta migratoria del Mediterráneo occidental de las aves entre Europa y África. De febrero y marzo y de septiembre a octubre son los mejores meses para observar las aves. Un lugar excelente de invernada para las especies anátidas y limícolas, además de la significativa y endémica gaviota de Audouin, otras viven de la multitud de alimento que habita entre los fangos como los archibebes, agujas, correlimos. En la época estival arriban aves que, como el llamativo y vistoso flamenco rosa, encuentran en estas lagunas el agua que el estío ha desecado en el resto de lagunas naturales del sur y sureste peninsular. Además la avoceta, el chorlitejo patinegro, la cigüeñuela son especies acuáticas que nidifican en las salinas.